ادعاي برخي متخصصان رايانه مبني بر سازگار نبودن نرمافزار برنامهنويسي جاوا با سيستمعامل جديد ويستا رد شد.
بر اساس گزارشهاي اعلام شده يكي از مشكلات آشكار ويستا نمايش صفحات گرافيكي به صورت نيمه شفاف و مات است كه اين مساله ميتواند استفاده از نرمافزار جاوا را با مشكل روبهرو كند.
برخي متخصصان نيز عقيده دارند كه برنامه جاوا اپلت در صفحه دسكتاپ قابل اجرا نيست اما شركت سان اعلام كرد كه با قراردادن راه حلي مشكل دسكتاپي جاوا را حل ميكند.